1976'da Los Angeles, Kaliforniya'da doğan Prinze Jr.'ın babası Freddie Prinze Sr. (1954-1977) ünlü bir komedyendi, ancak Freddie Jr 1 yaşındayken kendini vurarak yaşamına son verdi. Freddie Jr. emlakçı annesi Kathy Elaine ile birlikte Albuquerque, New Mexico'da büyüdü. Çocukluk yıllarında üç farklı okulda: Eldorado, Sandia ve La Cueva'da okudu. İyi derecede İspanyolca bilmektedir. 1994 yılında mezun olduktan sonra, oyunculuk kariyeri için Los Angeles'a taşındı.
1997'de Geçen Yaz Ne Yaptığını Biliyorum filmiyle ün kazandı. Bu filmde tanıştığı aktris Sarah Michelle Gellar ile 2002'de evlendi. Charlotte Grace Prinze (d. 2009) ve Rocky James Prinze (d. 2012) adında iki çocuğu vardır.
