Sisko bağımsız Bajor gezegeninin karmaşık siyasetine adapte olmaya çalışırken solucan deliğinin öte tarafında çok güçlü bir uygarlık olduğuyla ilgili duyumlar alır.
Defiant yıldız gemisi, Dominion ve kurucuları hakkında önemli keşifler yapınca DS9da konuşlandırılır ve Odo
un Dominionla ilginç bir ilişkisi olduğu ortaya çıkar.
Çok önemli gelişmeler yaşanan 4. sezonda, Dominion savaşında işler kötüye gider ve mücadeleye hazır uzay istasyonunun muhafızlarıyla Klingonlar arasında savaş başlar.